Plantée au Burundi le 17 mai 1928, dans la commune de Musema, Butaganzwa, province de Kayanza, au nord du pays, par l’Union Baptiste du Danemark (UBD. – Enregistrée sous la mission baptiste danoise par le décret du roi du 6 juin 1933.

Ensuite, répartie dans tout le pays et même à l’extérieur du pays, en particulier le Rwanda voisin. Le Rwanda et le Burundi étaient tous deux colonisés par la Belgique, les deux territoires étant connus sous le nom de Rwanda-Urundi.

La Mission Baptiste Danoise est devenue l’Union des Eglises Baptistes du Rwanda-Urundi jusqu’à l’indépendance des deux pays le 1er juillet 1962. -Depuis le decret ministeriel du 31 janvier 1966, l’Eglise Baptiste au Burundi opère légalement sous le nom français UNION DES EGLISES BAPTISTES DU BURUNDI(UEBB en sigle).

Aujourd’hui, il y a 227 églises faisant l’Union, dont 97 sont des églises mères alors que 130 sont des églises filles. Ils totalisent 52 000 membres